Nach Angaben der Armee eröffnete ein Rekrut auf einem Truppenübungsplatz in Zentraljapan das Feuer und tötete zwei japanische Soldaten und verletzte einen weiteren.
Ein 18-jähriger Auszubildender wurde nach Angaben der Polizei sofort festgenommen und in Gewahrsam genommen, weil er im Verdacht steht, jemanden töten zu wollen.
Der männliche Schütze habe am Mittwoch in Gifu das Feuer mit seinem Gewehr eröffnet und auf andere Teilnehmer geschossen.
Behördenangaben zufolge handelt es sich bei einem der Getöteten um einen 25-jährigen Mann. Die japanischen Selbstverteidigungskräfte erklärten, es seien keine Zivilisten beteiligt gewesen.
Auch wenn Waffengewalt in Japan immer noch sehr selten ist, gab es einige bemerkenswerte Vorfälle, seit der ehemalige Premierminister Shinzo Abe im Juli bei einer politischen Kundgebung von einem Demonstranten erschossen wurde.
Abe war Japans dienstältester Premierminister, so dass sein Tod die Nation zutiefst erschütterte.
Als Premierminister Fumio Kishida im April einer Rauchbombe, die auf seine Wahlkampfveranstaltung geworfen wurde, unverletzt entkommen konnte, war Japan erneut alarmiert.
Und in der Region Nagano kam es im Mai zu einem stundenlangen Amoklauf eines japanischen Mannes, bei dem vier Menschen, darunter zwei Polizeibeamte, ums Leben kamen.
Militärbeamte gaben am Mittwoch bekannt, dass die Schießerei während einer Schießübung für neue Rekruten und Auszubildende stattgefunden habe.
Sie sagten, der Verdächtige sei ein neuer Rekrut, gaben aber keine weiteren Einzelheiten an.
Polizei- und Rettungsfahrzeuge waren auf Fotos zu sehen, die in japanischen Medien veröffentlicht wurden und Straßen in der Nähe der Trainingseinrichtung in der Stadt Gifu absperrten.
Die Schießerei wurde dem obersten Kabinettssekretär Japans, Matsuno Hirokazu, gemeldet, der hinzufügte, dass die Ermittlungen noch andauern.
Nach den strengen japanischen Gesetzen zum Waffenbesitz sind nur Luftgewehre und Jagdgewehre für den zivilen Besitz zugelassen. Der Erwerb einer Schusswaffe erfordert in Japan das Bestehen einer strengen Prüfung und eines Tests der geistigen Gesundheit.